Những sinh vật xác định được sớm nhất thì rất nhỏ và tương đối không có nét gì đặc biệt, và hóa thạch của chúng trông giống những cái que nhỏ, do đó rất khó để phân biệt các cấu trúc nổi lên thông qua các quá trình vật lý vô sinh. Bằng chứng không thể tranh cãi cổ nhất về sự sống trên Trái đất, được diễn giải là vi khuẩn hóa thạch, thì có niên đại 3 tỉ năm.[60] Các phát hiện khác trong đá có niên đại khoảng 3,5 tỉ năm trước đã được diễn giải là vi khuẩn,[61] với bằng chứng địa hóa học cũng có vẻ như cho thấy sự hiện diện của sự sống 3,8 tỉ năm trước.[62] Tuy nhiên, những phân tích này đã được nghiên cứu kĩ lưỡng cẩn thận, và các quá trình không sinh học được tìm thấy có khả năng đã sản sinh ra tất cả các "dấu hiệu của sự sống" từng được báo cáo.[63][64] Trong khi điều này không chứng minh rằng các cấu trúc tìm thấy được có nguồn gốc không sinh học, không thể coi chúng là bằng chứng rõ ràng cho sự tồn tại của sự sống. Các dấu hiệu địa hóa học từ đá lắng đọng 3,4 tỉ năm trước đã được diễn giải là bằng chứng của sự sống,[60][65] mặc dù những phát biểu này vẫn không được xem xét toàn diện bởi các nhà phê bình.

Bằng chứng về các vi sinh vật hóa thạch được coi là có tuổi đời 3,770 triệu tới 4,280 triệu năm được tìm thấy ở Nuvvuagittuq Greenstone Belt tại Quebec, Canada,[20] mặc dù bằng chứng này bị tranh cãi là không thuyết phục.[66]